Po ukončení Prvej svetovej vojny v roku 1918, ktorá spustošila celú Európu a zanechala po sebe milióny obetí, netrvalo dlho a Portugalsko postihla epidémia španielskej chrípky. V malej fatimskej farnosti vtedy zomrelo 118 osôb a bolo nutné zaviesť aj opatrenie, aby sa nešírila medzi obyvateľmi dedinky panika, nezvonilo sa, keď niekto zomrel. Na túto formu chrípky neexistovali lieky, preto sa bojovalo naozaj proti neznámemu nepriateľovi. V rodine Františka a Hyacinty ochorela celá rodina okrem otca Pedra Marta. Obidvaja súrodenci si dobre pamätali proroctvo Panny Márie, že si ich čoskoro vezme k sebe a keď ochoreli, hneď si uvedomili, že ten čas nastal. Atak veľkodušne využívali tento čas, aby žili Máriino posolstvo sebazapierania a modlitby. 

Onedlho bol František prinútený k nečinnosti kvôli zápalu pľúc, jeho schopnosť modlitby bola obmedzená, ale cez to všetko sa snažil, aby s ním bolo čo najmenej práce. A aby nepridával starosti svojim blízkym, skrýval pred nimi ťarchu svojho kríža a túto formu apoštolátu vykonával zo svojho lôžka. Akási tajomná príťažlivosť viedla ľudí z jeho okolia k tomu, že mu chceli byť na blízku, aj keď riskovali nákazu chrípky. Nielen deti, ale aj dospelí si začali uvedomovať, aké dobro môžu čerpať z Františkovej prítomnosti a zvykli hovoriť: "Nevieme, čo na tom Františkovi je, ale človek sa pri ňom cíti tak dobre. Keď sa vojde do Františkovej izby, akoby ste vošli do kostola." Ľudia z jeho okolia, ale aj tí, ktorí ho navštívili boli presvedčení o jeho svätosti a preto mu často predkladali naliehavé úmysly, aby skrze neho obdŕžali z neba milosť vyslyšania. František si veľmi prial, aby mohol pristúpiť k 1. svätému prijímaniu. Ale ešte nemal 12 rokov, čo bol vek, kedy deti v tomto období obvykle pristupovali k 1. svätému prijímaniu, aj keď v tom čase už bol vydaný dekrét Pia X. Quamsingulari, že k prijímaniu môžu pristúpiť detivo veku počiatočného používania rozumu, teda už aj deti 7-ročné. Aj napriek jeho veľkej úcte k Eucharistii, mu farár farnosti viackrát odoprel možnosť pristúpiť k 1. svätému prijímaniu, pretože František bol pred cudzími ľuďmi nesmelý, často sa poplietol a nie vždy vedel odpovedať na otázky z katechizmu. Františkova túžba prijať Pána Ježiša bola naozaj veľká. Jedného dňa, keď počul že Lucia sa chce ísť pomodliť do farského kostola, prosil aj ju, aby poprosila skrytého Ježiša, aby mu farár umožnil pristúpiť k 1. svätému prijímaniu. Keď sa vrátila, uisťoval sa, či to urobila. Keď súhlasila, hneď jej prisľúbil, že sa za ňu bude prihovárať v nebi. Začiatkom apríla 1919 sa jeho zdravotný stav neočakávane viditeľne zhoršil. Pľúcna infekcia, stúpajúca horúčka, nechutenstvo ku všetkému, čo mu ponúkali, slabosť, celkové vyčerpanie už nenechávali žiadny priestor k pochybám, že sa jeho krátky život chýli ku koncu. A tak sa František znova zdôveril svojmu otcovi o svojej veľkej túžbe prijať Pána Ježiša. Otec sa s mnohými obavami vybral na faru, aby predostrel Františkovu prosbu. Na otcovo prekvapenie, farára Ferreiru v tom čase zastupoval otec Moreira z Atouguiy, ktorý s touto prosbou hneď súhlasil a potvrdil, že príde Františka vyspovedať. Zdroj: Silva, F.,M.: Pasáčci z Fatimy (Jana Jenčová)