Cirkevná vrchnosť sledovala udalosti v Cova da Iria so značnou zdržanlivosťou. Pretože tam prúdilo stále viac pútnikov, cirkevné úrady dospeli k záveru, že musia zaujať k udalostiam oficiálne stanovisko. V roku 1917 bola diecéza Leiria pod jurisdikciou lisabonského kardinála Antónia Mendes Bello, ktorý zakázal kňazom akékoľvek miešanie sa do fatimských udalostí. Spolu s lisabonským generálnym vikárom Limom Vidalom, nariadili vyšetrovanie, ktoré k ničomu neviedlo. Až keď sa 5. apríla 1920 stal biskupom v diecéze Leiria José Correia da Silva, veci dostali rýchly spád.
Zo dňa na deň mu bolo jasnejšie, že ide o Božiu záležitosť. Predovšetkým dal kúpiť v Cova da Iria obrovský pozemok o rozlohe 125 tisíc metrov štvorcových, teda plochu dvojnásobne prevyšujúcu Námestie sv. Petra v Ríme. Pri poslednom šiestom zjavení si Panna Mária žiadala postaviť na mieste zjavenia kaplnku, zasvätenú Panne Márii Ružencovej. S výstavbou sa začalo ešte 28. apríla 1919 a ukončená bola 15. júna 1919 a v tom čas spĺňala akoby funkciu pustovne, kvôli zákazu sa tam sväté omše nemohli konať. Kaplnka bola posvätená až neskôr a prvýkrát sa tam sv. omša slávila 13. októbra 1921. V čase vyčíňania slobodomurárov bola v dopoludňajších hodinách dňa 6. marca 1922 dynamitom vyhodená do vzduchu a úplne zničená, obnovená a znovu otvorená bola 13. januára 1923 a stala sa „srdcom svätyne“. Do roku 1982 prešla rôznymi menšími zmenami, ale zachovávala si svoj pôvodný zjav. Súčasná rozšírená a presklená kaplnka bola posvätená pri prvej návšteve Jána Pavla II. vo Fatime, 13. mája 1982. V Mariánskom roku, v roku 1988, bol strop kaplnky olemovaný borovicovým drevom zo severnej Sibíri. Toto drevo bolo vybrané pre svoju ľahkosť a trvanlivosť. Presné miesto zjavenia v kaplnke je označené mramorovým pilierom, na ktorom je umiestnená socha Panny Márie, pôvodný dub zničili ľudia. Vedľa kaplnky je ešte do dnešných čias zachovaný veľký dub, pri ktorom sa schádzali pastierikovia a prví pútnici a očakávali zjavenia Panny Márie. Sochu Panny Márie Ružencovej, ktorá je uložená v kaplnke až doteraz, ponúkol Svätyni v roku 1920 Gilberto Fernandes dos Santos, autorom bol Jossé Ferreira de Thedim a posvätená bola 13. mája 1920 vo farskom kostole vo Fatime a o mesiac neskôr bola uložená na podstavec do kaplnky. Slávnostne korunovaná bola 13. mája 1946 kardinálom Aloisom Masellom, pápežským legátom. Na vzácnu zlatú korunu bolo použité zlato a drahocennosti, ktoré darovali portugalské ženy 13. októbra 1942 ako poďakovanie za to, že ich manželia a synovia boli uchránení od bojov v 2. svetovej vojne. Koruna je celá zo zlata, váži 1,2 kilogramov a obsahuje 313 periel a 2679 drahých kameňov. Je v nej uložená aj guľka vybratá z tela Jána Pavla II., ktorú po atentáte v Ríme 13. mája 1981 ponúkol Svätyni. A ako sme sa dozvedeli na našej 2. farskej púti pri prehliadke múzea, pri umiestňovaní náboja všetkých prekvapilo, že klenotník, ktorý vyrábal korunku v roku 1942 nechal vo vnútri korunky výklenok, ktorý vtedy nedával zmysel. A presne do neho zapadol náboj, ktorý tam dal po rokoch uložiť Svätý Otec.
Zdroj: Fonseca, L., G.: Mária hovorí k svetu